建于南詔王勸豐祐時(shí)期（公元824—859年），先建了大塔“千尋塔”，高69.13米，是座方形密檐式磚塔，共16層。稍后又建了南、北小塔，均高42.19米，是一對八角形的磚塔，都是10級。修建三塔，除了佛家所宣揚的可以成佛外，還有一個(gè)重要的原因，是大理古為“澤國多水患”。古籍《金石萃編》中記載：“世傳龍性敬塔而畏鵬，大理舊為龍澤，故為此鎮之?！毕鄠鞴艜r(shí)修建三塔，采用墊一層土修一層塔的方法，塔修好以后，才將土逐層挖去，讓塔顯現出來(lái)，故有“堆土建塔”與“挖土現塔”之說(shuō)。建塔時(shí)所搭的橋，高如山丘，長(cháng)達10余里。修塔時(shí)運力不足，還用山羊來(lái)馱磚，如今大理的銀橋村，古時(shí)稱(chēng)為“塔橋村”。古籍記載修三塔，“役工匠七百七十萬(wàn)，耗四萬(wàn)余金，歷時(shí)八年建成”。修建三塔后，又建了規模弘大的崇圣寺。
元武宗時(shí)曾“降圣旨”封釋覺(jué)性為住持僧，保護寺產(chǎn)，免征糧稅。元代亦曾加以維修，使得“殿廡煥然復興，三塔峙立，金碧交輝，巨麗與山埒（相等）”。
明代，李元陽(yáng)重修，亦有“三閣、七樓、九殿、百廈”。當時(shí)寺中有五寶：三塔、巨鐘、雨銅觀(guān)音、證道歌碑和佛都匾。
至徐霞客到大理時(shí)，仍見(jiàn)崇圣寺前“三塔鼎立，諾四旁皆高松參天。其西由山門(mén)而入，有鐘樓與三塔相對，勢極雄壯”，樓后為正殿，正殿后為“雨珠觀(guān)音殿，乃立像，鑄銅而成者，高三丈”（《徐霞客游記·滇游日記八》）。據說(shuō)，寺中的鴻鐘，為“建極十二年”（公元871年）造，“徑可丈余，而厚及尺”，“其聲聞可八十里”。
明正德九年（公元1514年）大地震，千尋塔“裂二尺許，形如破竹”，后“旬日復合”。
1925年地震，塔頂震落，殘破益重。建國后政府對三塔保護十分重視，1978年對其進(jìn)行了大規模維修

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